La storia si svolge in un mondo in cui Shinra, Inc. ruba la forza vitale del pianetaper usarla come fonte di energia, guadagnando potere sempre maggiore e conquistando il mondo. Sono trascorsi due anni dalla battaglia. Anche se Midgar è stata ridotta in rovina, la gente lavora per la ricostruzione, lentamente ma testardamente. Ma una misteriosa malattia la tormenta. Non se ne conosce la cura e intanto provoca morte e ruba la speranza. Cloud, che aveva fatto parte della guardia militare di Shinra, oggi conduce una vita tranquilla occupandosi di ragazzi orfani. La perdita dei suoi cari in guerra gli ha lasciato addosso cicatrici che non guariscono. Un giorno, gli arriva una telefonata con un'offerta di lavoro per la protezione da un certo Kadaj.