Flying Swords of Dragon Gate riprende tre anni dopo che il famigerato Dragon Inn fu bruciato nel deserto quando la sua locandiera Jade scomparve. Una nuova banda di predoni aveva preso il sopravvento: locandieri di giorno e cacciatori di tesori di notte. Si dice che la locanda sia il luogo in cui si trova una città perduta sepolta sotto il deserto, e il suo tesoro nascosto verrebbe rivelato solo da una gigantesca tempesta ogni 60 anni. La banda ha utilizzato la locanda come copertura per localizzare il tesoro perduto.