"Supernova" racconta la storia della ricerca e del recupero di un'astronave medica nello spazio profondo nel ventiduesimo secolo, e dei sei membri della spedizione: il capitano e pilota AJ Markley (Robert Forster), il suo copilota Nick Vanzant (James Spader), l'ufficiale medico Keela Evers (Angela Bassett), il tecnico Yerzy Penalosa (Lou Diamond Phillips), il paramedico Danika Lund (Robin Tunney) ed il tecnico informatico Benj Sotomejor (Wilson Cruz). La loro astronave, la Nightingale 229 risponde ad una chiamata di emergenza arrivata da una galassia lontana. L'unico sopravvissuto che rinvengono è il giovane Troy Larson (Peter Facinelli), in possesso di un misterioso artefatto alieno.