Decisamente diversa dai fumetti cupi, violenti e oscuri di MIRAGE da cui hanno avuto origine le Tartarughe, questa versione del franchise è rimasta la versione più longeva e memorabile di tutte. Quattro tartarughe cadono nelle fogne e fanno amicizia con Hamato Yoshi, un giapponese inviato a New York che è stato costretto a vivere nelle fogne. Un giorno vede uno strano bagliore verde che trasforma le quattro tartarughe in creature dalle sembianze umane. Hamato (ora Maestro Splinter) si trasforma in un topo gigante dal bagliore verde e insegna alle tartarughe le abilità dei ninja mentre si alleano con la giornalista di Channel 6 April O'Neil per combattere contro l'arcinemico nemico di Yoshi, Shredder e Krang, un signore della guerra alieno. dalla Dimensione X.